在一种农药大面积推广应用之前，为了指导安全使用，须制定安全间隔期(Preharvest interval, PHI)，过去亦称安全等待期。它是预防农药残留污染基础食品的重要措施，亦是新农药登记时必须提供的信息。农药安全间隔期是指经残留试验确证后农药登记管理部门批准的农药产品实际使用时采收距最后一次施药的间隔天数，即正常施药后（遵守农药使用良好农业生产规范）到残留量降到最大残留限量或更低含量所需间隔时间。施药距收获期太近，食品中农药残留量可能会超标。在菜地、果园中用药，最后一次喷药与收获之间必须大于安全间隔期，以防给人、畜带来风险甚至造成中毒。基础食品生产有时会与农药安全间隔期产生冲突。
农药安全间隔期因农药性质、作物种类和使用环境条件的不同而异，化学性质稳定的农药不易分解，其安全间隔期长；同一农药在不同的作物上安全间隔期亦不同，果菜类作物上的残留量比叶菜类作物低的多；在不同地区，由于日光、气温和降雨等因素，同一农药在相同作物上的安全间隔期是不同的。因此必须制定各种农药在各类作物上的适合于当地的安全间隔期。在制定农药安全间隔期时，必须考虑农药的实际使用情况，如土壤处理剂或苗后芽前处理剂类型的除草剂、拌种剂等，农药
使用的日期是固定的，不再根据降解动态曲线推算出安全间隔期，而是测定收获后作物中的最终残留，其最终残留量不超过最大残留限量即可。制定的每一种农药的安全间隔期都要有依据，由规范的农药残留田间试验数据（遵循NY/T 788）支撑。制定合适的安全间隔期通常采用2种方法：一是从残留试验中获得的降解动态曲线上推出；二是开展采收间隔期试验，从中推算出安全间隔期。
按照实际使用方法施药后，在不同的时间间隔采样测定，绘出农药在作物上的降解动态曲线，以作物上的残留量降至最大残留限量的天数，作为规定安全间隔期的参考。这里有一个前提就是降解动态试验中施药剂量应与推荐的施药剂量一致。
采收间隔期（Interval to harvest）是指农作物采收距最后一次施药的间隔天数。采收间隔期是与残留量相关性最显著的因子，也是制定安全间隔期的重要依据。间隔期的确定必须科学、合理。由于农作物品种繁多，病、虫、草害的发生和防治时期差异甚大，应根据农作物病、虫、草害防治的实际情况和农产品采收时期确定间隔期。有的农产品需在鲜嫩时采摘，如黄瓜、番茄、茶叶等，则间隔期应相应的短一些，可在1天、2天、3天、5天、7天内，有的农作物如水稻、棉花、柑橘等，通常施药距收获时间较长，间隔期适当长些，一般设7天、14天、21天、30天。通常在进行农药残留实验时至少应设2个以上的采收间隔期，根据不同采收间隔期样品中残留水平，确定推荐的安全间隔期。
对某种农药在某种作物上使用的安全间隔期，农药合理使用准则（GB/T 8321.1~10）中均有详细规定，出售的农药标签中也要注明。 具体的农药品种安全间隔期：例如，氟苯虫酰胺在甘蓝上10天；theta-氯氰菊酯在十字花科蔬菜上14天、棉花上7天；丙溴磷在棉花上7天；氟醚菌酰胺在黄瓜上的安全间隔期为3天；稻瘟酰胺在水稻上21天；嘧霉胺在番茄和黄瓜上3天、葡萄7天；杀螺胺在水稻上52天；硝磺草酮在玉米上为玉米收获期。